Algunos de los temas investigación de interés en la Facultad de Ciencias del Mar son los siguientes:

En Chile central, interesa el estudio del ecosistema de Humboldt, caracterizado por una marcada estacionalidad en las condiciones meteorológicas y oceanográficas. La incidencia de vientos del sur–suroeste durante primavera-verano genera alta frecuencia de eventos de surgencia, que inyectan nutrientes nuevos a la capa fótica, produciendo altos niveles de producción primaria y secundaria, que a su vez sustentan grandes biomasas de recursos pesqueros. Taxa marinas de diferente origen evolutivo se han adaptado para que su período reproductivo coincida con épocas del año en que aumenta la frecuencia de eventos de surgencia, permitiendo que sus estados tempranos sean  transportados desde el océano abierto hacia la zona costera a través del flujo subsuperficial compensatorio a la capa de Ekman superficial dirigida hacia fuera de la costa. 

Los procesos físicos de mayor escala temporal también pueden afectar la actividad estacional y/o anual reproductiva de los peces marinos costeros, que se verán reflejadas en la variabilidad de las asociaciones ictioplanctónicas. La intrusión de aguas cálidas durante eventos ENSO genera cambios en la comunidad ictioplanctónica y por otra parte, cambios interdecadales en las condiciones climatológicas y oceanográficas afectan las abundancias de los peces pelágicos pequeños y su reproducción.

El ecosistema de fiordos y canales del sur de Chile presenta una serie de interrogantes sobre el origen de la productividad en el mar interior, ubicación de las de zonas de resguardo larval y su relación con el éxito o fracaso del proceso reproductivo, en un ambiente con una compleja circulación estuarina.